La saison 2 de Digimon débute 3 ans après la 1er aventure dans le digimonde. TK et sa maman ne vivent plus avec son père et son frère Matt. La plupart des anciens digisauveurs sont rentré au lycée, Joe étudie la médecine et Mimi vit au Etats Unis avec ses parents.
Dans la saison 2 nous aurons la chance de revoir tous les anciens digisauveurs, mais également d'en découvrir de nouveaux: Davis, Cody, Yolei et Ken.
La seconde saison se décompose en 2 parties bien distinctes. Dans la première les nouveaux digisauveurs accompagnés de Kari et TK combattent un enfant de leur âge qui se dit être l'Empereur des Digimons. Dans la seconde ils combattent Arukénimon, Mumimon et Blackwargreymon sans savoir que ceux ci sont manipuler par un ennemi qu Gatomon connait bien.
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