La deuxième saison de la série Rozen Maiden reprend là où la première s’était arrêtée.
Jun, débarrassé de ses fantômes intérieurs, décide durant l’été d’étudier pour la rentrée. Par la même occasion, il profite de ses longues heures passées à la bibliothèque de l’école pour faire des recherches sur les Rozen Maiden. Shinku, de son côté, se remet difficilement de son dernier combat et remet en cause sa place dans le jeu d'Alice. Apparaît soudain Bara Suishou, la septième et dernière Rozen Maiden, bien décidée à reprendre le jeu là où ses sœurs l'ont arrêter.